המחלוקת הציבורית סביב מלחמת לבנון השפיעה על גלי צה"ל - וגלי צה"ל השפיעה עליה. אנשי ציבור פוליטיקאים מהימין האשימו את התחנה בסיקור מגמתי-שמאלני, הסתייגות מהמלחמה והורדת המוראל הציבורי. המחלוקת התגלתה גם בתוך התחנה עצמה, כששנים מעובדיה, אבשלום קור ועמנואל הראובני, מתחו ביקורת פומבית על התחנה שמעסיקה אותם. ע"פ העיתון "דבר" אמר אבשלום קור לרמטכ"ל דאז, רפאל איתן, ש"גלי צה"ל שירתה את מטרות המחבלים". הנושא עלה לדיון בכנסת והרמטכ"ל כינס ועדת חקירה שתבדוק את נכונות ההאשמות. ממצאי אל"מ מיל. ראובן זיכו את התחנה מאשמה ושיבחו את תיפקודה של התחנה, אבל הפרשה הותירה תחושה קשה בקרב אנשי גל"צ.