לאחר הקמת מדינת ישראל, ברח ערפאת לקהיר ולמד הנדסה אזרחית באוניברסיטת קהיר בשנים 1952-1956.
בשנת 1952 הצטרף ל"אחים המוסלמים", ארגון מוסלמי-דתי שהטיף לחיים על פי ההלכה המוסלמית (לארגון סניפים רבים בכל מדינות ערב, אך הוא הוצא מחוץ לחוק ברובן).
בזמן מבצע קדש ב-1956 הצטרף כלוחם לצבא המצרי. לאחר המבצע עבר לכווית, שם עבד כמהנדס והקים חברת קבלנות.