בשנת 1988 נבחר פרץ לכנסת ה-12 מטעם מפלגת העבודה. בכנסת זו היה חבר בוועדת החוץ והביטחון, ועדת העבודה והרווחה, והוועדה לענייני ביקורת המדינה.
בתקופה זו הקים את שדולת חברי הכנסת למען הנגב ועמד בראשה.
בכנסת ה-13, בשנים 1992-1996 כיהן כיו"ר ועדת העבודה והרווחה, וכיו"ר הוועדה לחוק ביטוח בריאות ממלכתי.
בכנסת ה-14, בשנים 1996-1999 היה חבר בוועדת חוקה, חוק ומשפט.
לקראת בחירות 1999 פרש פרץ ממפלגת העבודה והקים את מפלגת "עם אחד", שחרתה על דגלה פעילות למען זכויות עובדים, ועמד בראשה.
המפלגה זכתה בשני מושבים בכנסת.
פרץ מכהן היום כחבר בוועדת הכנסת, הוועדה לקידום מעמד האישה, ועדה מיוחדת לנושא בעיית העובדים הזרים, ועדה מיוחדת לעניין החקיקה הנלווית לאי-חידוש ההכרזה על מצב חירום.