ב-1993 הוצעה לו משרת הנשיא והוא נעתר, ובחודש במאי אותה שנה הושבע לנשיא השביעי של מדינת ישראל. במאי 1998 הושבע לכהונה שניה. במהלך כהונתו ביטא פעמים רבות את דעותיו החברתיות והפוליטיות, למרות האיסור החל עליו.