מתיחות בצמרת המוסד: ראש אגף קיסריה, היחידה המבצעית של הארגון, שהיה אמור לסיים את תפקידו בשנת 2027, ביקש להקדים את סיום כהונתו. לארגון יש מועמד לרשת את התפקיד, אולם תהליך בחירתו טרם הסתיים. במוסד בחרו שלא להגיב לדברים.
ההתפתחות מגיעה על רקע שורת שינויים בצמרת המוסד מאז כניסתו לתפקיד של ראש הארגון, רומן גופמן, ב-2 ביוני 2026. מאז מינויו ביצע גופמן כמה מינויים, ובהם מינוי דוברת פנימית מתוך שורות המוסד ויועצת תקשורת חיצונית. בנוסף, הקים צוות של ארבעה יועצים חיצוניים בכירים המלווים אותו בעבודתו. כמו כן, נבדקה האפשרות למנות ראש אגף אסטרטגיה במוסד. על פי הערכות בקהילת המודיעין, גופמן מתכנן שינויים נוספים בצמרת הארגון.

עם כניסתו של גופמן לתפקיד חלו שינויים נוספים בצמרת הארגון. אחד הבולטים שבהם היה עזיבתו המפתיעה של ד', ראש אגף תבל, האחראי על הקשרים המודיעיניים, המדיניים והדיפלומטיים של המוסד עם מדינות זרות. ד' היה נציג המוסד בצוות המשא ומתן לשחרור החטופים ושימש כוח מניע בהשגת העסקה בציר ירושלים-דוחא-וושינגטון. עם זאת, הוא סיכם את פרישתו עוד לפני כניסתו של גופמן לתפקיד, ועזב את הארגון בסמוך לכניסתו של ראש המוסד החדש.
שינוי נוסף התרחש ימים ספורים לאחר עזיבתו של ד', כאשר א', סגן ראש המוסד, סיים את תפקידו בהחלטת גופמן. מינוי נוסף בצמרת הארגון הוא ע', שמונה לראש מטה המוסד על ידי ראש המוסד הקודם, דדי ברנע.
במקביל לשינויים בצמרת, גופמן מקדם תהליכים בארגון החשאי על רקע היערכות מערכת הביטחון וקהילת המודיעין בישראל למלחמה רב-זירתית. התהליכים מתמקדים בעיקר בבניין הכוח, ובכמה תחומים מרכזיים, בהם סייבר, בינה מלאכותית, מחקר ופיתוח ותפיסות עבודה. חלק מהתהליכים הללו הוצגו לאחרונה לרמטכ"ל, רב-אלוף אייל זמיר, שהגיע לביקור עבודה במטה המוסד.